En conversaciones con la artista Plática y ex directora del museo, Lotte Shulz (86 años de edad), reveló que el primer local del mismo se hallaba ubicado entre las calles presidente Franco y Juan E. O´leary, actual sede de la vicepresidencia de la República. La misma asegura que ese sitio fue donado por Juan Silvano Godoy para el local del museo pero que los gobiernos y administraciones anteriores se encargaron de quitárselo.
Posteriormente, ya como Museo estatal, pasó junto al archivo nacional sobre las calles Mcal. Estigarribia e Iturbe. Allí la institución experimento una etapa de estancamiento y de escasa convocatoria al público que duró muchos años. En este mismo local fue víctima del robo de valiosísimas obras que fueron compradas en Europa por Juan Silvano Godoy y posteriormente cedidas al Estado paraguayo en 1912. Los ladrones lograron alzarse con cinco pinturas que superan el valor del millón de dólares. Hasta hoy no se conoce quiénes fueron los autores del robo y sólo una de ellas fue recuperada.


